Pelo que sei de PDO, ele apenas deu uma padronizada geral nas conexão com banco, e adicionou novos recursos da classe PDO.
Agora no ScriptCase acho que não faz muita diferença pra gente não, pois vamos usar as macros do SC mesmo, sc_select, sc_lookup e sc_exec_sql, begin_trans , etc...
Más creio eu que a classe PDO é a melhor.